新型十万目六边形微腔芯片数字PCR对肺癌基因突变的绝对定量分析

目的 以表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)G719S突变为对象,建立用于肺癌基因突变绝对定量分析的新型十万目六边形微腔芯片(novel 100 000 hexagonal microchamber chip,NHMC)数字PCR(digital PCR,dPCR)平台.方法 首先构建并优化适用于EGFRG719S突变的PCR检测体系;然后用NHMC-dPCR平台检测8个浓度梯度的EGFR G719S标准品质粒和4种干扰物质,评估该方法的灵敏度、特异性和抗干扰能力;最后分别用NHMC-dPCR、液滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)和DNA测序法检测6例EGFR G719X突变的肺癌组织样本,验证NHMC-dPCR在临床样本检测中的可靠性.结果 NHMC-dPCR对EGFR G719S的最低检测浓度为3.01 copies/μL,检测值与期望值的线性方程为Y=0.725X-0.581,相关系数R2=0.984.该平台检测4种干扰物未发现阳性拷贝,检测G719S突变及其与4种干扰物混合的结果分别为23 194.4 copies和22 095.7 copies.NHMC-dPCR、ddPCR和DNA测序3种方法检测6例临床样本的定性结果符合率为100％,其中2例由NHMC-dPCR定量的结果为1 822.4 copies和451.7 copies,其对应由ddPCR定量的结果为1 581.8 copies和218.3 copies.结论 本研究建立的核酸绝对定量技术—NHMC-dPCR具有成本低、操作简单、速度快、抗干扰能力强等优点,可用于肺癌基因突变的绝对定量分析.