1株塞内卡病毒A型的基因组序列与演化分析
Acta Veterinaria Et Zootechnica Sinica（2021）
摘要
旨在分析塞内卡病毒A型(Senecavirus A,SVA)CH-HNCY-2019株的基因组特性和演化,参考SVA毒株SVV-001(GenBank No.NC011349)全基因组序列设计8对引物,通过RT-PCR扩增和测序获得SVA CH-HNCY-2019株全基因序列并进行序列分析.结果显示,SVA分离株CH-HNCY-2019基因组全长为7 294个核苷酸,与中国分离株核苷酸相似性为95.9％?99％,与美国经典株SVV-001核苷酸相似性最低.CH-HNCY-2019与大多数中国2017-2018年分离毒株亲缘关系较近,处于同一分支,而与中国2015-2016年分离株亲缘关系较远.与包括2019年中国广东4个SVA分离株在内的其他国内外分离株相比,CH-HNCY-2019的VP1蛋白的722位氨基酸由L突变为Q;VP3蛋白的499位氨基酸由A突变为V,528位氨基酸由P突变为S,582位氨基酸由E突变为K.本研究成功获得1株SVA CH-HNCY-2019全基因组序列,研究结果提示,SVA中国流行株具有多样性,而且在不断地演变,应加强SVA的分子流行病学调查、生物安全措施和疫苗研发以防止SVA在我国猪群中的广泛传播.
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