山地虎耳草转录组SSR信息分析

利用MISA (MicroSatellite)软件对山地虎耳草转录组拼接序列进行微卫星位点信息分析,为后期SSR标记的开发和物种遗传多样性检测提供候选序列.结果发现,在拼接得到的63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25％,有110种重复基元,平均每10.00 kB出现一个SSR位点.山地虎耳草转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(55.50％),其次为二核苷酸重复(30.23％).二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元分别为AG/TC和AAG/TTC.二核苷酸重复基元的重复次数类型最多,跨度最大,具有更高的多态性,三核苷酸次之,而四、五、六核苷酸重复类型很少.山地虎耳草转录组SSR以5～9次重复为主,且SSR数量随着重复次数的增加逐渐减少,基序长度主要集中于12～30 bp,多态性均在中等以上.